NCBI eUtils概要

NCBIのサービスを使用するためのHTTP/XMLなインターフェース。

基本的な流れ

1. 単語による検索で、ヒットしたデータのIDリストを得る。
2. IDからそのデータの詳細を得る。

例えば、ESearchを使ってtermからIDのリストを得る。次にESummaryを使ってIDのリストから、ヒットしたデータの要約を得る。

データを取得する方法

それぞれのツールは固有のURLを持つ。これをBaseURLとよぶ。このBaseURLに対して適切なパラメータを付加する事によって、レスポンスとしてデータを取得することができる。

例えば、

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=cancer&reldate=90

というURLにアクセスすると、ESerachというツールに対して、Pubmedのtermがcancerを含む過去3ヶ月のエントリをください、という要求になる。

このとき、BaseURLはhttp://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgiとなり、パラメータは、

• db=pubmed
• term=cancer
• reldate=90

となる。

BaseURLとパラメータは?で結ぶ必要があり、パラメータ同士は&で結ぶ必要がある。

結果の解析

URLにアクセスすると結果はXMLとして返ってくる。(contentTypeはtext/htmlだったりtext/plainだったり嘘ついてくるけど。。。)

これらのXMLはユーザが解析し、意味のあるデータとして解釈しなければならない。DTDが公開されているのでこれを参考にすると良い。

また、結果を解析するのが面倒だ！という方は、Entrez Utilities Web Serviceをお勧めする。