NCBI eUtilsで何ができるのか
いきなりeUtilsでウェブサービス、とか早まった気がしたので、 まずeUtilsでどのようなツールがあり、何ができるのかを調べてみました。
まあぶっちゃけ英語が読める人は本家サイトを読んだ方が早いと思いますが自分用のメモということで。
- EInfo
- Provides field index term counts, last update, and available links for each database.
- eUtilsで使用できる各データベースのフィールドやデータ数、 最新更新日などを知ることができる。
- ESearch
- Searches and retrieves primary IDs (for use in EFetch, ELink, and ESummary) and term translations and optionally retains results for future use in the user's environment.
- 用語(terms)からデータベースを検索するツール。 返ってくる値はそれぞれ検索したデータベースのID。 検索履歴やフィールドを絞ることもできる。 Webで行うPubmed Serachと同じことができる。
- EPost
- Posts a file containing a list of primary IDs for future use in the user's environment to use with subsequent search strategies.
- 今後、ユーザ環境で使用するIDのリストをポストすることができる。
- ESummary
- Retrieves document summaries from a list of primary IDs or from the user's environment.
- ESearchで得られたIDやEPostでポストしたIDの要約(Summary)をとってくること ができる。
- 例えばPubMed IDを用いた場合にはタイトルや著者、 ジャーナルのタイトル、ボリュームなどをとってくる事ができるようだ。 同じようにGI numberやMMDB ID (Structure database)からそのIDの要約をとっ て来れる。
- EFetch
- Retrieves records in the requested format from a list of one or more primary IDs or from the user's environment.
- ESummaryは要約をとってくるツールとすれば、 これはそのIDのデータベース上にある全情報をとってくるためのツールのようだ。
- ESummaryではPubmed IDからAbstractをとって来れなかったが、 EFetchを使えばとって来れる。 同じようにGI numberから配列情報を得ることができる。 (ただしフィールド数が膨大なため難しそう。)
- ELink
- Checks for the existence of an external or Related Articles link from a list of one or more primary IDs. Retrieves primary IDs and relevancy scores for links to Entrez databases or Related Articles; creates a hyperlink to the primary LinkOut provider for a specific ID and database, or lists LinkOut URLs and Attributes for multiple IDs.
- あるIDに対して関連するIDのリストや、 その他のデータベース (例えばGI numberからMMDB IDへ)の関連するIDのリストを得るためのツール。
- この「関連(related)」というのがどのような関連なのかはよくわからず。。 (cmdパラメータによって制御。) データベース間によって異なるのだと思う。
- また関連するIDの場合はその関連の度合いに対するスコアが得られる。 (このスコアの算出方法も今のところ不明。)
- EGQuery
- Provides Entrez database counts in XML for a single search using Global Query.
- それぞれのEntrezデータベース上に対して、 ある用語(terms)に関連するデータがいくつあるのかを知ることができるツール。 (何に使うんだろう。。？)
- ESpell
- Retrieves spelling suggestions.
- Entrezデータベースに検索するためのスペルを検索する。 ある単語に対する関連する単語を提示してくれるようだ。
- なんかGoogleの「もしかして:」機能みたな感じっぽい。