構造バイオインフォマティクス

「構造バイオインフォマティクス」とか言うセミナーに行ってみた。会社の報告書に書くためのドラフトを作成してみる。

はじめに - 木寺 詔紀

ことあるごとに、今日5人目の演者である千見寺という人の名前を出してる。だいぶ意識している模様。

「生物系データベース構築の意義。一次情報データベースは研究者による研究によってもたらされる価値の可能性のみを提示する。しかし二次情報データベースは、その二次情報データベースの価値を公開している本人が見出してOpenSocietyの支持を得なければならない。」うちのデータベースはどうなんだろうか…。

蛋白質の立体構造と機能に関するデータベースからの知見と今後の課題 - 木下賢吾

アミノ酸配列の類似性→蛋白質の機能の類似性
立体構造の類似性→蛋白質の機能の類似性

立体構造はどの程度似ていれば機能が類似するのか？
→foldが似ているから？
→最近ではfoldレベルでは機能が似ているとは言えない事がわかった。

foldが似ていなくても機能が似ている場合があるのでは？
→局所的な類似性のみで機能を推定できないのか？→できる。
→foldが似ていなくても機能が似ている場合はありえるが頻度は低い。
→fold、特にsuperfamilyの類似性に依存する。

この人は蛋白質の分子表面の局所構造の類似性から、蛋白質の機能を推定。
→蛋白質のディスオーダーされた部分はどうなるのか？（見えないループ？）
→また、基質が結合することによって分子表面が変化してしまうような場合はどうなのか？