これがどうやらChimeと同じように、Rasmolのブラウザで動作する実装なのだけどChimeと比べて色々な利点がある。
具体的なフローは、
と言う形になる。
]]>まあ、、Chimeを知らない人はこのエントリなんて興味ないと思うので説明はおいといて。
ふとしたことから、ウェブページに埋め込んだタンパク質の立体構造をChimeで表示して、それを動的にJavaScriptから操作してみたい欲求にかられた。
そこで、Chime+JavaScriptで検索をかけてみたのだけど、、なんかひどい検索結果ばかり。JavaScriptとChimeScriptの違いもわからないようなページしかひっかからない。生物研究者のITスキルはこんなものなのか、と内心ひどく落ち込みながらしつこく(今度は英語のページも検索対象に広げて)探してたらやっと見つかりました。
Chime Command-Line Example。作者はなんかChimeに異常に詳しいEric Martzさん。
この人はProtein Explorerとかいうタンパク質の立体構造をいろいろ弄くり回せるWebアプリケーションを公開している。
まあ、、それはともかくとりあえずこの人の書いたJavaScriptのコードを読み始めるとするか。。
]]>例えば、ESearchを使ってtermからIDのリストを得る。次にESummaryを使ってIDのリストから、ヒットしたデータの要約を得る。
]]>新薬開発ダッシュボードのセマンティックWebのプロトタイプであるBiodashで は、ユーザー向けに、疾病、薬剤の進行ステージ、分子生物学、パスウェイデータを関連付けている。このプロトタイプは、W3C、IBM、Oracle、コ ロラド大学などの代表者が参加するチームが開発したもので、公共のデータソースや化学資料室からの情報を遺伝子やタンパク質、パスウェイなどの生物学的存 在と連携させるセマンティックWebブラウザが含まれている。
なんかBiodashって聞いたこと無いけどどんなのなんだろう？気になります。
]]>EInfoと同じように、ESerachにもその機能を使用するためのBase URLがある。
Base URL: http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?
このBase URLにパラメータを追加していくことで欲しいデータ(IDのリスト)を手に入れることができます。
ESerachに設定することができるパラメータは以下の17個です。
と、色々あるようですが、重要なのはdbとterm。あとは日付と検索個数くらいだと思います。(WebEnv関連は後で説明。)
ところで、E-Utilitesでできる事はNCBIのサイトのEntrezで全部できるので、 それで不便していない人はE-Utilitiesを使う利点はなさそうです。
何故このE-UtilitesというツールをNCBIが公開しているのかというと、 Entrezデータベースの機能をプログラムから簡単に使えるようにするため、 ということになります。
Entrezで公開されているデータを大量に処理したい場合や、 自動的に毎日チェックしたいという場合はこのE-Utilitesを使う意味があるでしょう。
]]>まあぶっちゃけ英語が読める人は本家サイトを読んだ方が早いと思いますが自分用のメモということで。
]]>とりあえずHow to Use E-Utilities Web Service with Java(Apache Axis 1.2RC1)ということでApache Axis 1.2RC3をダウンロードしてきた。なんかNCBIのサイトとバージョンが若干違う気もするけど新しい方がいいよね、きっと。(関係ないですが、Apache Axisダウンロードの日本でのミラーサイトは理科大なんですなあ。)
Eclipseで新しいプロジェクトを作成し、ダウンロードしてきたAxisのjarを依存jarごとプロジェクトのクラスパスに追加。あと多分Xercesは必須なんだろうとこれもダウンロードしてきてクラスパスに追加。今日はHow to Use E-Utilities Web Service with Java(Apache Axis 1.2RC1)の内容にしたがってeUtilsのインターフェースを生成して終わろうと思ったのですが、org.apache.axis.wsdl.WSDL2Javaを実行してみると、以下のようなエラーが出てしまったので一旦終了。たぶん会社からやってるのでproxyの設定が必要なんだろうなあ。。Eclipseからどうやって設定するんだろう？